El ejercicio de la medicina en Chile se ha transformado considerablemente en los últimos años. Hoy, los médicos que ejercen en consulta privada o han decidido emprender con un centro de salud enfrentan, además del desafío clínico, la compleja realidad tributaria y contable que rige cualquier actividad profesional. La salud financiera de la práctica médica depende casi tanto de la eficiencia administrativa como de la excelencia médica, y en este contexto, una contabilidad precisa y el cumplimiento fiscal riguroso son determinantes para asegurar estabilidad y crecimiento.
¿Por qué es clave una buena gestión contable para los médicos?
Un sistema contable claro, exacto y oportuno permite a los médicos:
- Cumplir cabalmente con sus obligaciones tributarias (IVA, Impuesto a la Renta, contribuciones previsionales y laborales).
- Evitar errores en la facturación de honorarios y servicios.
- Ahorrar tiempo y reducir el estrés al enfrentar procesos como la Operación Renta.
- Contar con registros que respalden cualquier revisión o fiscalización por parte del Servicio de Impuestos Internos (SII), evitando sanciones y multas.sii+1
- Identificar áreas de mejora y oportunidades de optimización de costos en la clínica o consulta.
La experiencia señala que una de las principales fuentes de problemas fiscales para los médicos es la deficiente organización y registro de sus ingresos y gastos, lo cual puede originar diferencias en las declaraciones, omisión de tributos o deducciones no justificadas que posteriormente el SII objeta, generando multas e intereses.
Desafíos frecuentes y errores más comunes
Los médicos suelen enfrentar desafíos particulares en su gestión contable:
- Fallas en la emisión de boletas electrónicas por servicios prestados, especialmente cuando combinan actividades independientes y dependientes.
- Desconocimiento sobre los documentos necesarios para justificar gastos deducibles, como arriendos, insumos médicos y remuneraciones a colaboradores.
- Dificultad para distinguir entre gastos personales y gastos de la consulta, lo que puede derivar en observaciones de la autoridad fiscal.
- Ausencia de respaldo computacional o material de los registros contables al momento de una fiscalización, lo que puede acarrear multas inmediatas.sii
Además, la continua actualización de la normativa tributaria y la digitalización de procesos (como la obligación plena de facturación electrónica) exigen a los médicos mantenerse informados y al día con sus deberes contables.
El contexto actual: evolución tributaria y fiscalización
Durante 2025, el SII ha reforzado las estrategias de fiscalización y facilitación a pequeños contribuyentes, entre ellos los profesionales de la salud. El nuevo Plan de Gestión de Cumplimiento Tributario (PGCT 2025) pone especial énfasis en la detección temprana de errores y la prevención de omisiones en declaraciones, con iniciativas de capacitación y asistencia a nivel nacional. La reciente Ley de Cumplimiento de Obligaciones Tributarias (Ley 21.713) ha ampliado las facultades de fiscalización y endurecido las sanciones asociadas, aumentando la importancia de una contabilidad bien gestionada.
Se observa que los errores más sancionados son la no exhibición de libros contables respaldatorios, diferencias en las declaraciones de IVA, y la omisión de ingresos percibidos no registrados adecuadamente por el contribuyente.
Recomendaciones prácticas para médicos y equipos administrativos
- Automatizar la contabilidad para asegurar registros en tiempo real y respaldos electrónicos; si se utiliza contabilidad computacional, verificar que los datos estén accesibles ante cualquier fiscalización.
- Capacitar al equipo administrativo en materia tributaria básica, incluyendo el correcto uso de la facturación electrónica y la justificación documental de los gastos.
- Separar completamente los gastos personales y los relacionados con la práctica médica, mediante cuentas corrientes y tarjetas exclusivas para la consulta.
- Asesorarse permanentemente con un contador o consultor especializado en tributación médica, que conozca las particularidades del sector y los cambios normativos recientes.
- Revisar periódicamente el cumplimiento de las obligaciones mensuales y anuales, y corregir inmediatamente cualquier desviación detectada.
El rol de la asesoría experta: más allá del cumplimiento
Contar con asesoría adecuada no solo permite el cumplimiento normativo, sino que ayuda a planificar mejor la carga tributaria, aprovechar adecuadamente franquicias o créditos fiscales, y estructurar la práctica de forma tal que se minimicen riesgos y se maximicen utilidades futuras. La asesoría tributaria evoluciona constantemente en Chile y debe orientarse a prevenir, más que a corregir.
Reflexión final
La exigencia de una contabilidad precisa y el cumplimiento fiscal no es solo una obligación, sino una herramienta de gestión estratégica. Los médicos modernos deben ver la organización financiera como un pilar de su éxito profesional y personal, y no como una carga adicional. Abordar estos aspectos con rigor y acompañados de expertos supondrá la diferencia entre una práctica vulnerable y una operación segura, fluida y con proyección de crecimiento.
Claudio Alarcón Arriagada
Abogado · Contador Auditor · Ingeniero en Información y Control de Gestión
Magíster en Gestión y Planificación Tributaria
Gerente General – Consultora Legal